三国志战略版中部队合并分为单支部队合兵、营帐/城池军团合并以及同盟战队合并三类玩法，不同场景对应不同操作路径，合并前需满足武将状态、兵力上限、建筑权限等基础条件，操作均围绕主城、营帐、郡城等建筑界面完成。
个人多支部队合并是日常最常用的操作，首先需要将所有待合并部队调动至同一营帐、分城或主城范围内，处于行军、战斗、俘虏状态的部队无法执行合并。选中集结点内任意一支部队，点击队伍详情界面的合兵选项，系统会自动筛选出同区域内可合并的空闲部队，勾选需要整合的队伍后确认即可完成合并。合并后的单支部队有兵力上限，超出上限的兵力会自动拆分，同时合并会保留主队伍的武将与战法配置，副队伍武将转为预备状态，玩家可按需重新编组。
借助郡城组建军团是多人协同作战的部队合并方式，只有占领郡城、州府等城池并任命太守后，才能开启军团编制功能。太守点击对应城池进入城内，选择集结按钮召集同盟成员的多支部队，待所有部队抵达城池后，使用编辑军团功能将最多五支部队整合为一个军团。军团可统一执行行军、驻守、攻占等指令，合并后的部队共享移动与作战指令，适合集体攻城、联防等大规模玩法，同时可随时将状态异常的部队请离军团，单独休整补兵。
同盟战队合并适用于赛季结算后的团队整合，同一战区内的同盟在转化为战队后，盟主可发起战队合并申请。发起合并的两支战队人数总和不能超过三百人上限，人数超标则合并失败。合并完成后，两支战队的成员、部队、资源全部整合至新战队，原有战队编制解散。此外组队大厅也支持队伍自动合并，开启该功能后，报名阶段人数不足三十人的队伍会自动并入其他队伍，避免队伍解散，该功能多用于赛季组队匹配场景。
部队合并存在诸多细节规则与实战技巧，合并前务必检查所有武将的体力、兵力与伤兵情况，体力过低、兵力残缺的部队合并后会大幅降低整体战力。兵种搭配也是合并的核心要点，尽量保证合并后队伍兵种统一或形成互补，利用兵种克制提升作战能力，同时合理搭配恢复类战法，降低合并作战后的战损。完成合并后不要立刻进攻高级地块或强敌，优先通过低级地块试水，根据战损调整武将站位、战法配置与兵力分配，规避集中兵力后战败损失扩大的风险。
