二战风云中海军抵御敌方反舰导弹的核心，是多层防御阵型搭配防空舰艇、电子干扰系统以及近防武器协同拦截，单一依靠战舰装甲很难抵挡饱和式导弹攻击，分层拦截体系才能把来袭威胁逐层化解。舰队编组时需要区分远、中、近三层防御圈，外围部署远程防空驱逐舰作为第一道屏障，依靠远程防空导弹在导弹进入射程初期进行拦截，中层安排护卫舰承担补防任务，清理突破外围的漏网导弹，核心主力航母、战列舰则布置在内圈，依靠近防炮和装甲硬抗剩余攻击。舰队阵型尽量保持松散布局，避免多艘舰艇扎堆，防止一枚导弹同时命中多艘舰船，降低大范围战损风险。
电子干扰与雷达预警是提升拦截成功率的关键前置操作，舰队中编入专用电子侦察舰，可以提前捕捉敌方导弹发射信号，获得更长的反应时间。开启有源干扰和无源干扰后，能够迷惑敌方导弹的制导系统，使其偏离预定航线，部分导弹会直接失去目标坠入海中。雷达系统需要持续保持开机扫描状态，重点关注侧翼和低空盲区，反舰导弹常采用低空掠海飞行模式，容易避开常规探测，搭配低空补盲雷达可以大幅减少预警死角。很多玩家容易忽略干扰设备的持续运作，在遭遇突袭时关闭干扰节省能源，最终导致防御体系直接失效，稳定运行电子设备才能让防御效果持续生效。
舰艇配件与科技研究同样影响整体防御能力，优先升级船体装甲、防空火力和抗爆结构科技，提升舰船的基础生存能力。主力战舰加装近防速射武器，针对突破两层防御的近距离导弹进行密集弹幕拦截，航母周围布置多艘护卫舰环绕保护，避免核心输出舰船被快速摧毁。在港口驻守时，还可以部署岸基防空阵地，形成海陆一体的防御网络，敌方导弹在进入近海时就会遭到持续拦截。面对多波次导弹齐射时，及时调整舰艇航向进行机动规避，配合防空武器持续反击，坚持到敌方弹药耗尽，就能守住海上阵地。
