通关联盟只是冒险的阶段性终点，游戏还有大量二周目内容等待解锁，七之岛剧情是打完联盟之后优先推进的核心玩法，完成联盟通关后回到小镇，与大木博士对话即可解锁全国图鉴，枯叶市港口轮渡会开启前往群岛的航线，整套群岛剧情分为多段任务，首先前往一之岛和通讯设备管理员对话，前往灯火山击败火箭队小兵拿到红宝石交付之后，才能拿到彩虹通行证解锁剩余岛屿航线。推进到四之岛冻瀑洞窟时可以拿到秘传攀瀑，六之岛点之穴内需要破解地板机关获取蓝宝石，拿到蓝宝石修复通讯机器后，群岛主线才算全部收尾，这个过程中岛屿各处分布大量高等级训练师、招式教学NPC还有稀有道具，七之岛的阿斯卡纳遗迹推动石块机关之后，就可以进入遗迹捕捉全部28种形态的未知图腾，适合图鉴收集玩家逐一打卡。
群岛剧情全部通关之后，华蓝市北侧冲浪可达的华蓝洞窟将会解锁，洞窟最深处可以捕捉70级超梦，这也是整个关卡内强度最高的野生宝可梦，对战前务必提前存档，超梦仅有一次捕捉机会，失手击杀就无法再次刷新，抓捕时建议携带会点到为止的宝可梦压低血量，搭配催眠状态提升捕获概率，不要直接消耗大师球，合理使用时间球在回合数拉长之后提升抓捕成功率。除此之外如果一周目遗漏三圣鸟抓捕，二周目依旧可以返回无人发电厂、双子岛、灯火山顶部完成捕捉，全部传说宝可梦收集完成之后，图鉴收集就进入下一阶段，群岛多条道路草丛内会刷新大量非关都地区宝可梦，玩家可以长时间在各个岛屿草丛刷取，补齐图鉴空缺，部分精灵只能依靠孵化获取，四之岛培育屋可以开启孵蛋玩法，利用宝可梦配对繁育子代，刷取理想个体值与隐藏技能搭配。
联盟可以反复进行再战，再次进入宝可梦联盟时，四天王以及冠军整体等级会大幅提升，配招也会全面强化，不再是一周目轻松碾压的水平，这也是后期练级、刷取金币最高效的途径，对战前可以搭配学习装置，让低等级宝可梦同步吃到对战经验，快速完成多只主力养成。想要拉高游戏深度，可以尝试对战配置打磨，研究物特体系下的招式组合，睡眠+剑舞强化、剧毒守住消耗这类经典战术都可以在反复挑战联盟时测试，搭配不同道具打磨专属对战队伍，也可以在各个道路反复寻找高个体野生宝可梦，尝试闪光宝可梦的蹲守，依靠驱虫剂卡等级刷取野外出怪，虽然耗时很长，却是硬核玩家后期主要的乐趣来源。
地图内还有不少容易被忽略的隐藏内容，各个岛屿的隐藏洞穴、不归迷宫、训练师塔都可以反复挑战，训练师塔可以连续和多名高阶NPC对战，用来测试成型队伍的实战强度，全地图隐藏道具可以借助探宝器逐个搜刮，补齐进化石头、消耗道具储备。全部内容打完之后，玩家还可以尝试自我限制玩法，例如单只宝可梦通关联盟、无神兽通关、限定属性队伍挑战，依靠自定义规则重新拉高游戏难度，延长游戏游玩周期。
