通关后的二周目应优先完成传说宝可梦剧情、开放区域探索和队伍强化，不建议一开始就反复挑战联盟。通关后存档不会重置，先回到桧扇市整理队伍，再前往之前无法进入的东部区域、冠军之路南侧和黑色都市。主力平均达到60～65级即可推进大部分后期路线；如果准备挑战强化联盟，建议把核心成员提升到72级并准备冰系或龙系输出、地面系和格斗系招式，应对冠军艾莉丝的龙系阵容以及钢系、恶系成员。不要只依赖一只高等级宝可梦，二周目训练家队伍等级提高、属性覆盖更广，至少应保留六只能够轮换的成员，并给每只宝可梦配备足够的pp恢复和状态回复道具。
传说宝可梦的捕获顺序必须牢记为先捷克罗姆，后酋雷姆。在联盟附近触发N的后续剧情后，追踪N前往龙螺旋之塔，击败相关对战并调查暗之石，黑2可以捕获70级捷克罗姆；完成捕获后再回到巨人洞窟深处，酋雷姆才会重新出现，同样为70级。进入战斗前先存档，队首放置拥有同步特性的宝可梦可以提高刷到目标性格的概率，队伍中准备会降低对方体力的技能、催眠或麻痹技能，并携带30个以上高级球、黑暗球和时间球。酋雷姆在剧情中不能直接捕获，误把剧情战当成捕获战并提前使用大师球是最浪费资源的操作；大师球更适合留给难以追踪或反复逃跑的目标。
探索后期地图时应单独准备秘传技工具宝可梦，至少安排冲浪、攀瀑和怪力，进入复杂洞窟时再补充闪光，避免把四个秘传技全部塞进主力技能栏。路线23、巨人洞窟、龙螺旋之塔和三圣兽相关地点都可能需要反复往返，出发前把飞空术、解毒药、解麻药、全回复药和超级喷雾放在常用栏位，重要分岔路口先查看地图再推动石块，防止为了拿一个道具而封死近路。想快速提升战斗能力，可以前往帷幕市南方的宝可梦世界锦标赛，那里同时提供对战、招式回忆、忘记技能和部分招式教学；招式回忆需要心之鳞片，碎片教学则按红、蓝、黄、绿碎片分类，先确定队伍最终技能再集中兑换，避免把碎片消耗在临时成员身上。
想解锁自然保护区，应优先完成合众图鉴的见过目标，而不是盲目追求全国图鉴捕获。黑2需要见到合众图鉴中297只符合条件的宝可梦，Victini、凯路迪欧、梅洛耶塔和盖诺赛克特不计入要求；完成后回到鹿子镇找桧扇博士领取许可证，再从吹寄市机场前往自然保护区。缺少版本限定或进化链条时，可以通过训练家对战、培育和交换补齐图鉴记录，逐只检查图鉴编号比单纯刷野怪更有效率。自然保护区内的闪光双斧战龙属于固定挑战目标，捕获前应清空队伍异常状态、准备低伤害技能并提前存档。
黑2的终局目标是黑色摩天楼十区和强化联盟，因此队伍成型后再集中挑战最省时间。黑色摩天楼每区都要先寻找门卫训练家，再击败区域首领，不能打开背包使用药品，只能依靠持有道具和区域医生恢复；建议前五区使用稳定输出和替补轮换，后五区让主力达到70级并携带剩饭、文柚果或解状态类持有物。通关第十区击败阿铁后，还要回到桧扇镇找他领取闪光圆陆鲨。若选择挑战联盟复赛，四天王最高为74级，艾莉丝最高为78级，正式进场前补满PP、购买全回复药和复活药，并针对龙系、钢系、恶系分别安排克制招式；普通玩家可先完成黑色摩天楼和传说捕获，想刷经验和奖金的玩家则把强化联盟留作最后的循环内容。
