副本挑战是获取计划资源、装备蓝图及技术值的重要途径。玩家可通过星系地图中的中立势力联络站（橙黄色标记点）进入副本区域，或参与游戏内定期开放的限时活动副本。高等级副本通常需要玩家基地达到4本以上并组建多支舰队协同作战，而低等级副本（如1-3级）则适合新手单舰队挑战。副本入口会标注推荐战力与奖励内容，建议优先选择与当前舰队强度匹配的副本以避免资源浪费。
战列巡洋舰和航母等高指挥值舰船需通过增援功能突破编队限制，例如5艘舰队增援后可形成10艘规模的战斗群。工程船与运输舰混编能提升资源采集效率，尤其在采集类副本中可减少往返时间。对于战斗型副本，建议前排配置CAS066级或ST59等抗伤舰船，后排搭配输出型巡洋舰如枪骑兵防空型或载机巡洋舰。维修舰苔原的战后修复能力可显著降低损耗，但需注意其仅能在基地船坞进行维修。
高级副本（7-10级）存在特殊机制需针对性处理。7级副本野怪成对出现时，可采用主力舰队与炮灰舰队分头接战的策略：炮灰舰队吸引增援敌人后撤退，主力舰队集中消灭主要目标。8级副本中的载机巡洋舰需配备防空护航艇或战机应对，而9级副本航母编队建议采用双舰队夹击战术——肉盾队先接敌，输出队后入场。10级副本需完全成型的多舰队配合，可通过战略地图提前规划夹击路线，利用曲率航行缩短移动时间。
每次副本消耗20-50点策略值，需通过城市对接站提升恢复速度或预留50点应急。技术值应优先强化舰船关键模块，如护卫舰的护甲与驱逐舰的火力系统。副本产出的金属、晶体资源建议用于升级港口与主力舰生产线，电子货币则购买联络站的稀有舰船蓝图。注意每日任务和同盟攻城战也会掉落副本进入道具，合理分配活跃度可最大化收益。
副本进度受基地等级制约，速本策略能提前解锁高阶内容。落地后应优先将通用港口和主力舰生产线加速至5级，2本阶段集中完成主线任务获取建设令。4本后解锁的采矿平台可节省计划圈，并为副本资源提供10%-30%采集加成。赛季初期建议选择勘探协议避免PVP干扰，同时通过封锁1-2级城市自动刷怪积累舰船击毁数，两者均可提升副本备战效率。
